La festa dei Ss. Medici è direttamente collegata alle origini di Alberobello dato che prese avvio dalla particolare venerazione da parte di Gangirolamo II d'Acquaviva d'Aragona, conte di Conversano e signore della selva.
Risalgono al 1635 i primi indizi di detto culto, nel tempo in cui il conte aveva fatto edificare nella Selva una casa di abitazione per sè ed i suoi e, in seguito, un piccolo oratorio in cui fu collocato un dipinto in tela (di autore ignoto) nel quale era effigiata la Vergine Maria con i Santi Martiri Cosma e Damiano. Forse uno speciale miracolo spinse l'austero feudatario, nove anni prima, a dare al suo primogenito il nome Cosmo. Comunque il culto crediamo sia stato voluto dalla moglie Contessa Isabella Filomarino. Sicuramente ella era votata ai due Santi più del conte, il quale era in cerca di gloria attraverso spericolate avventure. - Sembra strano che un uomo spericolato come Giangirolamo II di colpo si dedica alla venerazione dei santi.
Antonio Mauro Gioielli, storico, ci racconta che ad Isernia San Cosma era noto come santo della sterilità e dell'impotenza, inoltre apprendiamo che Isabella Filomarino e il conte Giangirolamo II, in anonimato, dopo un certo periodo dalle nozze, andarono in pellegrinaggio ad Isernia per devozione a San Cosma. Dopo di allora Isabella partorì diversi figli e il primogenito lo chiamò Cosmo. Nessuno storico ci racconta con esatezza che tipo di miracolo ha ricevuto il conte nè mai è stato trovato traccia di riferimenti certi, comunque sia, per chi ha studiato in profondità il personaggio del conte sembra strano che un tipo del genere si dedica alla venerazione dei Santi senza che abbia avuto un segno tangibile tanto da scuotere un animo così duro come quello del "Guercio". Stando così i fatti noi deduciamo che la coppia Giangirolamo-Isabella, prima di avere i figli, hanno avuto delle difficoltà nella procreazione tanto da intercedere "la grazia" a San Cosma ad Isernia e che "ricevuta" hanno chiamato il loro primogenito Cosmo. -
Dopo di allora il casato degli Acquaviva in Conversano si è prodigato così tanto per i Santi Medici tanto che il 27 settembre del 1636 il Conte organizzava nella Silva una processione, cui fecevano ala con torce gli armigeri e i pochi abitanti del posto, invitando, altresì, nobildonne e gentiluomini del feudo.
Negli anni successivi, sempre in quel giorno, sia che fossero presenti gli Acquaviva o i loro amministratori, la loro casa padronale brulicava di persone devote dei luoghi circonvicini. Il culto è stato gestito dalla famiglia fino al 1665, anno in cui il Conte perì in malo modo.
Da allora in poi gli abitanti della Selva diedero vita alla commemorazione dei due santi, portando in processione un quadro, diverso da quello venerato dal Conte, dalla loro chiesetta rurale tra le case e i campi. Dal 1725 man mano che aumentava la devozione verso i Santi si pensò di ampliare la chiesetta spinti anche dalla grande venerazione dei fedeli.
Il giorno dei Ss Medici del 1781 fu turbato, così c'è lo racconta Martellotta nel suo "Memorie istoriche ed il presente nel culto dei Ss Medici ricorrendo il 350° anniversario della devozione alberobellese", da una scorreria in paese del famigerato brigante di Castellana Scannacornacchia e della sua crudele masnada. In quella occasione si temette anche per la grande tela dei Ss Medici, infatti qullo fu l'ultimo anno che fu portata in processione.
Per timore che l'antico dipinto, simbolo stesso del casale potesse subire danni, l'anno successivo un certo Giuseppe Domenico Rinaldi fece scolpire, a sue spese, due statue lignee raffiguranti Cosma e Damiano. L'artista, però, riuscì a realizzare solo quella di San Cosma, perchè morì improvvisamente. La seconda statua fu quindi commissionata ad un artista di Rutigliano, tal Luca, soprannominato Tammurro, che la consegnò due anni dopo.
Nel mese di maggio del 1782, un anno di grande siccità, la statua di San Cosma, fatta scolpire ad Andria, non riuscì a giungere in chiesa: appena raggiunto il centro abitato, il cielo parve aprirsi e piovò così tanto da indurre la gente della Selva a credere ad una benedizione di Dio, il primo dono di San Cosma al nuovo popolo di devoti.
E non fu certo l'unico miracolo. Quando, negli anni 1690-'92 la peste colpì la Puglia, a questo riguardo si ricordano le miglia di morti che subirono i paesi limitrofi (Castellana, Conversano, Noci, Putignano, ecc) la Selva rimase fuori dal contagio. In tale occasione i Ss Medici veneratissimi anche a Conversano, dove il "Guercio" aveva fatto dedicare in loro onore la piccola chiesa, già di San Matteo, attigua al Monastero delle benedettine (che da allora furono meglio note col nome di monache di San Cosmo) compirono miracoli così eclatante che la cittadinanza tutta e l'intero Capitolo della Cattedrale si impegnarono per voto a partecipare ogni anno alla festa solenne e alle cerimonie religiose in loro onore.